Японское слово «аниме», означающее «анимация», восходит корнями к английскому слову «animation» (яп. アニメーション [анимэ:сён]), заимствованному и сокращённому до трёх слогов. Несмотря на несколько бо́льшую распространённость укороченной формы — «аниме» — оба слова имеют одинаковое значение в японском языке: они обозначают любую анимацию, вне зависимости от её стиля и страны производства. По мере распространения японской анимации за пределы Японии, слово стало входить в другие языки, включая русский, в качестве обозначения анимации, произведённой в Японии или имеющие характерные для неё стилистические признаки.

В японском языке полностью отсутствует свойственное русскому силовое ударение, поэтому японские слова, заимствованные в русский язык, обычно получают ударение в зависимости от традиций произношения слов на русском языке. Слово «аниме» в русском языке устоявшегося ударения не имеет, распространено два варианта произношения — аниме́ и а́ниме. Однако, если следовать орфоэпическим правилам русского языка, то ударение ставится на последний слог, как и в словах макраме́, резюме́, реноме́, карате́. Такое произношение как а́ниме, разумеется, до включения слова в словари не является признаком безграмотности, но все же не рекомендуется.

Существует два альтернативных русских написания слова: «анимэ» — транслитерация (яп. アニメ) по правилам киридзи и «аниме» — более распространённая форма, соответствующая традиции написания уже освоенных русским языком иностранных слов, содержащих звук [э] после твёрдого согласного (похожее изменение претерпел термин «карате»). Оба варианта произносятся одинаково: [анимэ].

В русском языке слово «аниме» имеет средний род, никогда не склоняется. Слово иногда используется как первая часть составных слов, таких как «аниме-режиссёр» или «аниме-сериал». В разговорной речи встречаются образованные от «аниме» слова «анимешник», «анимешный» и т. п.